Согласно Постановления Кабинета министров Республики Узбекистан от 10 сентября 2007 года под № 190 «О мерах по повышению эффективности и усовершенствованию деятельности магистратуры в системе высшего образования Республики Узбекистан» и выполнения задач, намеченных в Национальной программе по подготовке кадров, а также, Постановления Президента №2215 «Об организации Ташкентского государственного стоматологического института» в августе 2014 года был организован отдел магистратуры.

Деятельность отдела ведётся по следующим направлениям:

– разработка государственных образовательных стандартов (ГОС) и других нормативных документов для специальностей Магистратуры и их регулярное усовершенствование на основе спроса и предложения заказчиков кадров;

– организация учебного процесса для подготовки магистров, контроль качества образования и обучения;

– руководство деятельностью Магистратуры, модернизация форм и механизмов организации образовательного процесса;

– контроль обеспечения необходимыми учебниками и учебной литературой все специальности Магистратуры, вовлечение в этот процесс видных учёных, высококвалифицированных специалистов, организация развития научной отрасли;

– контроль претворения в жизнь научно-исследовательской работы студентов Магистратуры;

– контроль и согласование деятельности по подготовке магистров на кафедрах института;

– мониторинг успеваемости выпускников Магистратуры;

– мониторинг устройства на работу выпускников Магистратуры;

– регулярный анализ работ по подготовке магистров и подготовка отчётов по нему;

– создание условий для педагогических кадров, ведущих занятия в Магистратуре и повышение их профессиональной и личностной активности, разработка механизмов их поощрения;

– формирование и развитие системы информационного обеспечения по специальностям Магистратуры;

– участие в разработке и осуществлении научно-педагогических проектов и программ в сотрудничестве с ведущими зарубежными и отечественными партнёрами;

– системный анализ существующих условий, определение проблемных ситуаций и важнейших направлений по тенденции развития Магистратуры;

– организация изучения спроса и предложений по направлениям Магистратуры, обеспечение конкурентоспособности на профессиональном трудовом рынке и образовательных услуг, а также формирование маркетинга по подготовке магистров;

– создание информационного банка по рабочим местам на трудовом рынке для студентов Магистратуры, закончивших обучение на бюджетной основе; развитие сотрудничества с организациями-работадателями;

– разработка предложений и указаний, отображающих интересы партнёров-участников в процессе подготовки магистров, а также формирование инициатив и проектов, программ, направленных на развитие специальностей, исходя из задач, поставленных перед Магистратурой.

В Ташкентском государственном стоматологическом институте студенты Магистратуры обучаются по следующим направлениям:

– детская стоматология;

– ортопедическая стоматология;

– терапевтическая стоматология;

– хирургическая стоматология;

– челюстно – лицевая хирургия;

– детская терапевтическая стоматология.

С 2014 года была введена защита магистерских диссертаций на английском языке.

Заслуживает особого внимания эффективная деятельность образовательной системы магистратуры в интеграции с зарубежными вузами и научными центрами.

Образовательные программы усовершенствованы на примере вузов Германии, России и Южной Кореи.

Ежегодно 25-30 студентов магистратуры проходят курсы повышения квалификации в ведущих зарубежных вузах и научно-исследовательских центрах.